مجمع عمومی اتحادیه
مجمع عمومی محور سیاست های کلی اتحادیه است.
اعضای مجمع عمومی، از میان بانوان متفکر و نخبه مذاهب اسلامی از سراسر جهان که فعال و دارای اندیشه تقریبی باشند توسط هیأت امناء برای مدت 4 سال انتخاب می شوند. تعداد اعضای مجمع عمومی حداکثر 51 نفر خواهد بود.
هیأت امناء
اعضای هیأت امناء متشکل است از شخصیت های فرهیخته بانوان حوزوی، دانشگاهی یا فعال اجتماعی و کار آفرین با تجربه بین المللی که برای مدت 3 سال منصوب می شوند و جلسات هیات امناء، هر چهار ماه یک بار انجام می گردد.
دبیرکل اتحادیه
عالی ترین مسئول اجرایی اتحادیه است که با پیشنهاد رئیس هیأت امناء و تصویب اکثریت اعضاء ( نصف + 1) به مدت 3 سال منصوب می گردد.